Ich würde davon ausgehen, dass Ihr Aptana Studio nicht mit den gleichen Berechtigungen ausgeführt wird wie die für die Zuordnung des Netzlaufwerks verwendeten.
Ich habe derzeit 2 zugeordnete Netzwerkfreigaben. Eine ist eine SharePoint-Bibliothek und eine ist eine Dateifreigabe. Ich habe beide mithilfe meiner Domänenbenutzerkonto-Anmeldeinformationen zugeordnet. Beim Öffnen von Aptana Studio werden beide zugeordneten Standorte angezeigt und sind zugänglich.
Wenn ich mein Aptana Studio "als Administrator" starte, bekomme ich sofort die von Ihnen beschriebene Situation (beide zugeordnete Netzwerkstandorte werden mit einem roten "X" angezeigt und sind nicht zugänglich).
Ich würde also davon ausgehen, dass Sie entweder Ihre Netzwerkfreigabe-Zuordnungen oder das Benutzerkonto, unter dem Sie Aptana Studio ausführen, anpassen müssen.