Es ist sehr unklar, was Sie erreichen wollen. Sie sollten Ihre Frage mit einer klaren Erläuterung Ihrer Wünsche, einem Mindestbeispiel für Ihren Code (ohne unnötige Kommentare und irrelevanten Code) und mit der erwarteten Ausgabe für die von Ihnen vorgelegte Eingabe abschließen. Wenn es nur darum geht, 0x
die Datei zu entfernen, genügt dies:
perl -wple's/0x//g' input.file