Ich würde zuerst versuchen, herauszufinden, ob Ihr Netzwerk (in Cygwin) langsam ist. Sie können versuchen, mit iperf einige grundlegende Benchmarks auszuführen.
Auf dem Server:
iperf -s
Auf dem Kunden:
iperf -c <host of server>
Dies sollte zu einer Ausgabe von nahezu 100 MBit / s führen. Wenn nicht, hat das Problem nichts mit rsync zu tun (und mit der Verschlüsselung, die Sie aufgrund des SSH-Zugriffs verwenden).