Ich habe herausgefunden, worum es hier geht.
Ich habe Pakete von einer Box zur anderen synchronisiert, und die beiden Boxen verwendeten unterschiedliche Versionen von createrepo. Die Box, aus der ich Pakete synchronisierte und von repomd aus, hatte die älteren Versionen des Pakets nicht im Repo. Die Centos6-Version md5summiert ihre Metadatendateien, die Centos5-Version nicht. Yum bevorzugt offenbar die nicht-md5summed-Version und konnte daher nicht alle Versionen der Pakete auf der letzten Box sehen.
Dummer Fehler meinerseits. Hoffentlich wird niemand anderes dieses Problem haben und aus meinen Fehlern lernen.