Anscheinend gibt es keine integrierte Option für ConEmu Autostart. Es gibt jedoch eine einfache Problemumgehung, die manuell zum automatischen Start hinzugefügt wird:
Win+R
-> Menü Ausführen öffnen- Typ
shell:startup
, drücken Sie die Eingabetaste - Verknüpfung zu ConEmu im geöffneten Ordner erstellen