Ihr Problem hängt höchstwahrscheinlich nicht mit ConEmu oder cmder zusammen.
Überprüfen Sie, ob Ihre Tools (ls.exe) am selben Speicherort wie bash.exe verwendet werden. Überprüfen Sie Ihre PATH-Variable.
Dies kann sich auch auf die TERM-Variable beziehen.
Sie werden dasselbe Verhalten feststellen, wenn Sie Ihre bash.exe von Win + R aus ausführen.