Dies ist mir jetzt schon ein paar Mal passiert, aber zum Glück habe ich den Fix gefunden - irgendwie wird meine folderlist.xml-Datei abgeschnitten (geleert), aber dankbar hält claws-mail eine Sicherungskopie:
cp .claws-mail/folderlist.xml.bak .claws-mail/folderlist.xml
behebt das Problem