Um ein konkretes Beispiel zu geben: Ich erstelle ein Sprite-Sheet mit einer Größe von 240x240 (ein 5x5-Sheet mit 48x48-Sprites) und ziehe eine 48x48-PNG-Datei hinein. Die eingefügte Größe wird eingefügt (in diesem Fall um den Faktor 2,5 auf eine Größe) von 120x120).
Das klingt alles komisch, aber auch sehr vertraut. Für mich klingt das nach einer Art DPI-Abweichung zwischen den Bildern.
Das bedeutet, dass die Bilder, die Sie in das Photoshop-Arbeitsbereichsfenster ziehen, möglicherweise eine höhere DPI-Auflösung haben als der eigentliche Photoshop-Arbeitsbereich.
Ich würde empfehlen, dass Sie die DPI der Bilder ändern, damit sie auf einer bestimmten Ebene zueinander passen. Entweder erhält man für ein Bild eine höhere DPI oder für das andere eine niedrigere DPI, aber beide sollten dieselbe DPI haben und dann versuchen, sie erneut zu ziehen und abzulegen.