Ich bin mir nicht sicher, welche Version von Windows Sie verwenden, aber ich gehe davon aus, dass Sie MSMQ 3.0 installiert haben. In diesem Fall können Sie alle Ihre privaten MSMQ-Objekte mit VBS abfragen und die Private Queues-Eigenschaft im MSMQ-Anwendungsobjekt aufrufen und als Variante speichern.
Dann würde ich durch Ihre Variante blättern, die Delete-Eigenschaft von MSMQQueueInfo verwenden und jede Warteschlange löschen.
Hoffentlich hilft das.